מהם הגורמים שעיכבו את התפתחותה של פראג עד המאה ה-16?
מאבקים דתיים בפראג במאה ה-15 :
מרבית האוכלוסייה בעיר לא הייתה קתולית, ואילו השלטון (בית הבסבורג) היה קתולי ושאף להנהיג מדיניות קתולית; מנהיג המהפכה הדתית הראשונה היה הכומר הוגה הדעות, יאן הוס, האשים בדרשותיו את הכמרים הקתולים בניצול. יאן הוס דרש שינויים בכנסייה הקתולית. הוא דרש שגם קהל יאכל מלחם הקודש וישתה מהיין בטקס המיסה ולא רק הכומר. יאן הוס הקים את הזרם האוטרכיסטי (אוטרכיסטים – מהמילה "שני מינים" – גם הכומר וגם הקהל יאכלו מהלחם הקדוש וישתו מהיין).

הארכיבישוף של פראג הטיל חרם על יאן הוס ותלמידיו. יאן הוס נאלץ לעזוב את פראג. הוא הואשם בכפירה בנצרות, לאחר שעירער על רעיונות מרכזיים בנצרות הקתולית ועל סמכותו של האפיפיור.
הוא נמצא אשם והועלה על המוקד (מוות בשריפה).הוצאתו להורג של יאן הוס הובילה לתסיסה ולמרידות של תומכיו, בפראג ובבוהמיה. ההמון תקף כמרים ונזירים קתולים ויצר הרס וחורבן בעיר פראג. המאבק בין הקתולים להוסיטים (תומכי יאן הוס) נמשך עד שלהי המאה ה-15.

"הקונפסיה* הבוהמית" – במאה ה-15 פעלה בפראג כת האחים הבוהמים. הם טענו שהכנסיה הקתולית מושחתת ושאפשר להגיע לישועה ע"י אמונה וצדקה ולא בעזרת הכנסייה. קבוצה זו נפרדה מהכנסייה האוטרכיסטית. הם נרדפו ע"י האוטורכיסטים והקתולים. הזרמים הנוצרים שהתנגדו לקתולים חיברו מסמך שנקרא "הקונפסיה הבוהמית" ובו הופיעו עיקרי הדת ותביעות מהמלכים ההבסבורגים, שלא התקבלו (*קונפסיה – מהמילה וידוי). הפילוג והמאבקים בין הזרמים הנוצריים בפראג יצרו אי שקט דתי ופוליטי ועיכבו את התפתחותה של העיר .

מתיחות לאומית ודתית באוניברסיטת קרל בפראג:-
מתיחות דתית שררה בין הפרופסורים הגרמנים באוניברסיטת קרל לבין הפרופסורים הצ'כים. הגרמנים תמכו באפיפיור,מנהיג הכנסיה הקתולית והצ'כים תמכו ביאן הוס, שדרש רפורמות
בכנסיה הקתולית.בתחילת המאה ה-15 החריפה המתיחות הלאומית בבוהמיה בין צ'כים לגרמנים. בני האומה הצ'כית נחשבו דוברי השפה הצ'כית ובני האומה הגרמנית נחשבו דוברי השפה הגרמנית, גם אם נולדו בבוהמיה וחיו בה תמיד. כלומר, השפה קבעה את הזהות הלאומית של האדם ולא מקום הולדתו והמקום בו חי.
הקיסר וצלב פירסם את "הצו של הקונטה הורה". הצו קבע שלאומה הצ'כית תהייה עדיפות (שלושה קולות) על שלוש האומות האחרות (בווארים, סכסונים ופולנים) בזמן הצבעה באוניברסיטה.
לכל אחת משלוש האומות ניתן רק קול אחד. הקיסר נתן עדיפות לאומה הצ'כית. 650 סטודנטים והמרצים הגרמנים החליטו לעזוב את האוניברסיטה של פראג לאחר פרסום הצו והקימו את אוניברסיטת
לייפציג בגרמניה.

תוצאות מרד המעמדות:
המלך פרדיננד ה-1 היה קתולי. הוא נלחם בנסיכים הגרמניים הפרוטסטנטים. פרדיננד דרש להכניס את הצבא לשטח הגרמני כדי להילחם בנסיכים הגרמנים.האצילים והעירוניים בפראג התנגדו לכך ומרדו בו. פרדיננד ניצח את הנסיכים הגרמנים, אך העימות בין צבא המלך וצבא העירוניים בפראג נמשך. פרדיננד העניש את האצילים והעירוניים. מס' אצילים הוצאו להורג ורבים מאזרחי פראג הוכו וגורשו מהעיר.
הפריבילגיות של העירוניים בוטלו, הגילדות פורקו והעירוניים נאלצו לשלם מיסים גבוהים על הבירה – ענף היצור המרכזי בפראג. רכושם של האזרחים הוחרם ונאסר להחזיק נשק. האוטונומיה של פראג וערי בוהמיה בוטלה. כוחם הכלכלי והמשפטי של העירוניים נחלש והדבר פגע בפעילות הכלכלית בפראג ובבוהמיה, כל אלו עיכבו את התפתחות העיר במשך שנים.

כשלון המלחמה בעותמנים:
המלך רודולף השני מנהל מלחמה גדולה ללא הצלחות בעות'מאניים – 1593 עד 1606.
בעקבותיה המלך חותם על חוזה שלום משפיל.