המהר"ל מפראג
הדמות היהודית המרכזית והחשובה ביותר בפראג במאה ה-16 הייתה רבי יהודה ליווא בן בצלאל, הידוע בכינויו המהר"ל מפראג. המהר"ל חי במאה ה-16 בפראג והיה עד לשינויים בחיי היהודים. מצד אחד: הקהילה היהודית נהנתה מיחס נוח של השלטון כלפיה (מדיניותו של רודולף ה-2), ומהשתלבות חלקית בחיי הכלכלה והתרבות בפראג. גם המהר"ל נפגש עם הקיסר רודולף השני.
מצד שני מגמה של התבדלות והסתגרות: הגותו של המהר"ל ביקשה להסביר את מצב היהודים בגולה, לדחות את המעורבות של היהודים בחיי החברה הנוצרית, לדחות השפעות חיצוניות על הגות יהודית, להביא שינוי בחינוך היהודי בישיבות ולהשיב לרבנים את סמכותם בעניין פסיקה הלכתית.

תולדות חייו
המהר"ל היה רב ומחבר, הוגה דעות ופרשן. הוא נולד בסביבות שנת 1512 בעיר וורמס שבגרמניה, ונפטר ונקבר בפראג בשנת 1609. הוא למד שנים רבות בישיבות בפולין. הוא כיהן כרב ראשי באזור מורביה שבצ'כיה. הוא נודע כמחמיר ורבים התנגדו לו.
בשלהי המאה ה-16 הגיע המהר"ל לפראג ולימד בבית המדרש. לאחר שלוש שנים עזב לפולין, משום שלא נבחר לרב הראשי של פראג. בשנת 1597 הוא שב לפראג ובגיל 85 התמנה לרבה הראשי. שמו של הרב היהודי הגיע לאזני הקיסר רודולף ה-2, שהזמין אותו אליו ומינה אותו לרב הראשי של פראג.
המהר"ל הרבה לכתוב על נושאים של אמונה ועל קיומם של היהודים בגולה. הוא חיבר ספרים רבים וחשובים כגון: ספר על  גלות ישראל שנקרא "נצח ישראל", ספר על התורה שנקרא "תפארת ישראל", ספר על טיבם של הניסים שנקרא "נתיבות עולם" ועוד.

התמודדות המהר"ל עם הבעיות שהעסיקו את היהדות בימי הביניים:
בתקופתו היהודים זכו לפריחה כלכלית ותרבותית, אך עדיין נחשבו לשונים: הם נדרשו לסמן את בגדיהם בסימון מיוחד, נאסר עליהם לגלח את זקנם והם חיו בגטו. המהר"ל טוען כי השונות של היהודים היא דבר חיובי ומטרה נעלה, וכי יש לשמר מצב זה. לפי תפיסתו, עם ישראל הוא עם נבדל, נפרד ושונה באופן מהותי מכל הגויים, וכי שונות זו נקבעה בזמן בריאת האדם. לדעתו אין לחזור לארץ ישראל
עד שלא תגיע הגאולה, ואין להשתלב בחברה הנוצרית. הוא טוען כי ממש כמו שהאלוהים מצוי מחוץ לעולם כך גם העם היהודי אינו שייך לעולם, ומכאן הקרבה המיוחדת שיש בין העם היהודי לאלוהים. לגבי פיזורם של היהודים בגלות טוען המהר"ל כי זה דבר חיובי, משום שעם ישראל הוא עיקר העולם ולכן הוא מפוזר בין הארצות השונות. גם עניין זה מעיד, בעיניו של המהר"ל, על הקרבה הגדולה שבין אלוהים ליהודים.

ביקורת על אופן הלימוד שהסתמכה על שיטת הפלפול –
המהר"ל מבקר את שיטת הלימוד הקיימת בישיבות, ובעיקר יצא נגד שיטת הפלפול המבוססת על ויכוח וליבון דברים בדקדקנות,בטענה שאינה תורמת להבנת החומר הנלמד כי שיטה זו היא מורכבת
מדי. לדעתו יש ללמד בהדרגה. קודם כל את היסודות: הלומדצריך לשלוט היטב בתורה ובמשנה ורק אחר כך ללמוד תלמוד.

התנגדות לפרשנות על ספרות חז"ל –
בתקופתו נכתבה פרשנות של דברי חז"ל ועורבבה עם מקורות לא יהודיים. הספרות היהודית באותה התקופה הושפעה מהרנסאנס וההומאניזם. המהר"ל ראה זאת בחומרה והתנגד למגמות שניסו לשלב בין לימודי קודש ללימודי חול, ולהשוות או לעמת בין מקורות יהודיים למקורות חיצוניים. הוא טען כי דברי חז"ל הם מעבר להבנתו של השכל האנושי ולכן אי אפשר להסבירם או להשוותם לחכמת
אדם. המהר"ל התנגד לערבוב שבין הקודש לחול, הוא לא התנגד ללימודי חול אלא דרש להפרידם הפרדה מוחלטת מלימודי הקודש.

ביקורתו של המהר"ל על שיטת הפסיקה המחייבת
המהר"ל טען כי הרבנים צריכים לפסוק הלכה על ידי בחינת מה שכתוב בתלמוד ולא לתת פסיקה שרירותית שנקבעה מראש וכתובה בתוך ספר. לדעתו יש לבחון את המקרים ולא להיסמך על השולחן הערוך, כך תעלה חשיבותם של הרבנים ושל הרבנות כולה.