הנושאים הקשים ביותר שאתם היו צריכים ראשי היודנרט להתמודד היה – מדיניות הגרוש להשמדה של הגרמנים והיחס לאחיהם הרוצים למרוד בגרמנים.

דילמות והתלבטויות של ראשי היודנרט בשילוח היהודים להשמדה:

האם וכיצד לבצע את הוראות הנאצים בתקופת השילוחים למחנות ההשמדה

היודנראטים התלבטו האם להודיע ליושבי הגטו שמדיניות הנאצים השתנתה והשילוחים הם למחנות השמדה ולא למחנות עבודה כפי שהודיעו הגרמנים.

כאשר כבר היה ידוע לכול כי מדובר בשילוח יהודים להשמדה ,עמדו ראשי היודנרט לפני דילמה מוסרית קשה במיוחד- האם לשתף פעולה עם הגרמנים ? האם לשלוח את מכסת היהודים הנדרשת להשמדה וכך להציל אחרים-ולו רק לזמן קצר ? האם לסרב לפקודת הגרמנים וכך לסכן את כל הגטו ? את מי לגרש ראשונים? את הזקנים? את החולים? את הנשים? את הילדים?

ראשי היודנרט ניסו לדחות את הגזרה ולשכנע את הגרמנים שהיהודים מביאים תועלת בעבודתם ולעתים נתנו שוחד כדי להצילם.

ההצלחות היו מעטות וראשי היודנרט נדרשו לעתים להכריע מי לחיים ומי למוות.

כיצד להתייחס לארגוני המחתרת ולפעילות המחתרתית העלולה לסכן את כללת ושבי הגטו

רוב תנועות הנוער התארגנו לקראת מרד אקטיבי בנאצים. הנוער הבין מהר מאוד, שככל הנראה, הרצח עתיד להיות ממושך ויסודי.

ההתארגנות הזו תפסה תאוצה ככל שהתבררה המציאות ולפיה הנאצים החלו ברצח מאורגן של היהודים.

חלק ממנהיגי היודנראטים חששו שפעילות המחתרתית ותמיכתם בה עלולה לסכן את יושבי הגטו ולהביא לחיסולו . חלקם הגדול האמין שהרצח הוא מוגבל וזמני וכל עוד קיים סיכויי להציל חלק מיושבי הגטו אז אסור להתחיל במאבק אקטיבי, שיכול להביא לחיסול מידי של הגטו. היודנראטים התלבטו  האם לתמוך בהכנות למרד, האם לתמוך בבריחה ליערות והצטרפות לפרטיזנים? היה ברור, שלא כל יושבי הגטו מסוגלים להשתתף בצעדים אלו וכל מי שיישאר מאחור- ייענש. האם לסכל את פעילות המחתרת או אפילו להסגיר חברי מחתרת?

בנוסף, חלק מהיודנראטים ראו בפעילות המחתרת תחרות להנהגתם והודאה לחולשתם כהנהגת הגטו.

דוגמאות לראשי יודנראט מרכזיים –פעילות והחלטות שקיבלו בנושא גרוש היהודים להשמדה:

אדם צ'רניאקוב (גטו ורשה):

צ'רניאקוב היה הדמות הטראגית ביותר מבין כל ראשי היודנרטים, אשר גילה רגישות עצומה לגורל תושבי הגטו. הוא בא במגע מתמיד עם השלטונות הגרמניים במטרה להקל על סבל הגטו ולהפעיל את כל קשריו כדי לשחרר יהודים שנאסרו על עבירות שונות. הוא ספג מהגרמנים עלבונות, מכות, אך לא נרתע מלמתוח עליהם ביקורת. הוא עסק בפעולות עזרה וגילה רגישות רבה בכל הקשור לילדי הגטו. כאשר הבין בגרוש הגדול מן הגטו (יולי 1942) שהגרמנים הונו אותו וכי הוא מעביר למעשה שמות של יהודים להשמדה –בלע כדורי רעל והתאבד.  על פי אחד הגרסאות ,נמצא על שולחנו פתק שכתב לאשתו:" תובעים ממני להרוג במו ידיי ילדים מבני עמי . לא נותר לי דבר זולת המוות".

חיים רומקובסקי (גטו לודז'):

האמין כי רק עבודה יצרנית תציל את הגטו מהשמדה. הטיל מרות קשה על תושבי הגטו- היה "רודן" הגטו. כונה "מלך היהודים". יש הרואים בו  סמל לשיתוף פעולה עם הגרמנים. אם זאת יש הסבורים שהמשטר החמור שהנהיג בגטו והעבודה הנוקשה מנעו את חיסול הגטו. כאשר נדרש למסור "מכסה" של יהודים למשלוח ביקש מתושבי הגטו למסור ילדים ,אנשים זקנים וחולים ,כדי להשאיר בגטו את אלה העשויים לשרוד. (ראו נאומו בעמ' 234).

 יעקב גנס (גטו וילנה):

האמין כי העבודה בבתי החרושת למען הגרמנים היא הדרך היחידה להצלת הגטו. סייע לגרמנים בשליחת יהודים להשמדה והסביר כי אם לא ייתן לגרמנים את היהודים למשלוח יבואו הגרמנים וייקחו בכוח רבים יותר וכול הגטו יהיה בסכנה. ציין כי "הוא עושה את חשבון הדם היהודי ולא את חשבון הכבוד היהודי". כאשר המחתרת בגטו סכנה את הגטו נאבק בה ותבע להסגיר את מנהיגה (יצחק ויטנברג) לגרמנים.