המלחמה גרמה לנזקים קשים ליישוב היהודי בא”י: ניתוק מכל מקורות קיומו, מחסור במצרכי מזון בסיסיים, חובת גיוס לצבא התורכי, ביטול הקפיטולציות, גירוש יהודים בעלי נתינות זרה, מסע רדיפות נגד הציונות, אנשי “היישוב החדש” ואנשי “המשרד הא”י”, עבודות כפייה, החרמות רכוש, הוצאתם להורג של אנשי ניל”י וגירוש יהודי יפו-תל אביב. יהודים רבים עזבו וב 1918 נותרו בה כ-57,000 נפש.
ארגון ניל”י
באביב 1915 אהרון אהרונסון נואש מן השלטון התורכי, ממשטר האימים של ג’אמל פחה ומן הברית שבין תורכיה וגרמניה. במקום זאת, הוא החליט לטפח קשרים עם בריטניה ולעזור לה בכיבוש הארץ.
הוא הקים רשת ריגול במושבות זיכרון יעקב ועתלית, שהתבססה על אגודת ה”גדעונים”. חבריה היו: אהרון אהרונסון, אחיו אלכסנדר אהרונסון, אחותו שרה אהרונסון, אבשלום פיינברג, נעמן בלקינד ויוסף לישנסקי.
קבוצת הריגול קיבלה את השם “ניל”י”, “נצח ישראל לא ישקר”. הם יצאו מנקודת הנחה כי ימיה של האימפריה העות’מאנית ספורים, וכי בריטניה תתפוס את מקומה בא”י ובמזרח התיכון, ומן הראוי הוא להתגייס לטובת המאמץ המלחמתי הבריטי. אך הם היו קבוצת מיעוט של כמה עשרות אנשים. לעומתם, הרוב ביישוב היהודי בא”י, ה”יישוב הישן”, ה”יישוב החדש”, הציונים, חברי “השומר”, וראשי מפלגות הפועלים, התנגדו להם.
הם חששו מנקמתם האכזרית של התורכים אשר עלולה הייתה להמיט שואה על כולם. לנגד עיניהם עמדה שואת העם הארמני כדוגמה נוראה.
ב-1916 אהרון אהרונסון הגיע ללונדון במטרה לשכנע את האנגלים בתוכניותיו, אחר כך נסע למצרים. שם הוא עסק בפעילות מודיעינית על סמך ידיעות שהגיעו אליו מן הארץ, ושמר על קשר שוטף עם מנהיגים יהודיים בארצות הברית. בספטמבר 1917 התורכים עלו על עקבות אנשי ניל”י. נעמן בלקינד נתפס, נחקר, עונה באכזריות ואולץ למסור פרטים על חבריו ברשת. באוקטובר התורכים הטילו מצור על המושבה זיכרון יעקב.
כל חברי המושבה נעצרו ונחקרו. אחת מאלה הייתה שרה אהרונסון. היא עברה עינויים קשים. כוח הסבל שלה כשל, ואז היא שמה קץ לחייה. אחר כך, ג’מאל פחה פתח במצוד אחר יוסף לישנסקי. הוא נתפס על ידי בדווים שהסגירו אותו לתורכים.
ב-16.10.1917 יוסף לישנסקי ונעמן בלקינד הוצאו להורג בתלייה בכלא בדמשק. היחיד ששרד היה אהרון אהרונסון, אך ב-15.5.1919 הוא נהרג בתאונת מטוס בשמיה של התעלה האנגלית בדרכו מפריס ללונדון.
חברי ניל”י האמינו כי עתיד היישוב היהודי מחייב שיתוף פעולה עם בריטניה. הם העבירו מידע חשוב לצבא הבריטי אשר עזר לו לכבוש הארץ. הם הזעיקו את דעת הקהל והפעילו לחץ על תורכיה להפסקת הרדיפות של ג’אמל פאשה נגד היישוב. עם זאת, התנהלותם לא זכתה להסכמה מצד רוב היישוב אלא שהיא יצרה מחלוקת וקיטוב.
