המפסידים הגדולים של המלחמה היו הפלשתינאים שנותרו עם סיום המלחמה ללא מדינה ועם מאות אלפי פליטים מפוזרים בכל מדינות האזור רובם במחנות פליטים כאזרחים נחותים ועניים .
יציאתם של כ– 700,000 ערביי ישראל את הארץ במהלך המלחמה הייתה תהליך רצוי למדינת ישראל שאפשר לקבוע את  אופייה היהודי של המדינה . בנוסף בעיות ביטחון, מחסור באדמות ומקומות דיור נפתרו ע"י יציאת הפלשתינאים . עם תום המלחמה נותרו בשטח ישראל כ – 150,000 ערבים שהפכו לאזרחי ישראל ומהווים כ 1/5 מאזרחיה כיום.

הגורמים לעזיבת ערביי ישראל במהלך המלחמה היו:

הגרסה הפלשתינית והתגובה על הבריחה ההמונית:

רק העשירים עזבו מרצונם, השאר גורשו. לטענת הפלשתינים, העשירים הפכו את בתי הקיט שלהם שמחוץ לא"י לבתי מקלט ואילו מרבית העם, שהיה דל באמצעים, הרחיק רק למדינות הקרובות. בכך מבססים הם את העובדה שלהם, שמרבית העם הפלשתיני גורש.
הבריחה לא התקבלה יפה בארצות המקלט, שנאלצו להתנדב למענם בקליטתם דבר שהיה למעמסה עליהן. המופתי קרא לפליטים  לחזור לא"י אך קריאתו לא נענתה. למנוסה של הערבית תרמה ההנהגה הערבית. לא הייתה כל מדיניות ברורה בנושא זה, והיא לא  נתנה לאוכלוסייה הערבית הוראות ברורות. הפליטים התרכזו במחנות הפליטים בירדן, ברצועת עזה, בלבנון ובסוריה.

הגרסה הישראלית ותגובת הישוב לבריחת הערבים:

לא הייתה כל תכנית של מנהיגי המדינה והצבא לגרש את הערבים מן המדינה היהודית.
האירועים החריגים בדיר יאסין ותחילת הניצחונות היהודים באפריל 1948 הביאו ערבים רבים לברוח כי פחדו מהרג שיבצעו בהם היהודים .
במקומות רבים ברמלה , לוד ובדרום הארץ צה"ל גירשו בכוח את הפלשתינאים גם אם זאת לא הייתה המדיניות הרשמית . במקומות שבהם היו קשרים טובים עם הערבים ניתנה הוראה מפורשת לא לגרש את התושבים. כך היה בכפר אבו גוש שבקרבת  ירושלים, בפורדיס שבקרבת זיכרון יעקב וכן ביפו ובעכו. לעומת זאת גירוש תושבי רמלה ולוד קיבל את אישורו של הדרג המדיני.
לטענת ישראל "ההנהגה של ערביי א"י עודדה את בריחת הערבים", אך אין ביסוס לכך בחומר התיעודי. המסמכים מראים שהוועד הערבי העליון, צבא השחרור והממשלות הערביות התאמצו ללא הצלחה לבלום את הבריחה.

בעיית הפליטים לאחר המלחמה:

לאחר המלחמה הטילה ישראל על הליגה הערבית את האחריות לגורל הפליטים וציפתה שמדינות ערב יישבו אותם בתחומיהן. מאז ועד היום מסרבות מדינות ערב למעט ירדן לקלוט את הפליטים. הרוב הגדול של הפליטים לא התערבב או התמזג עם מארחיו. על פי התפיסה הערבית שאלת הפליטים נוצרה ע"י ישראל והיא האחראית לפתרונה.
עד היום נותרה הבעיה של הפליטים עומדת בעינה. הפלשתינים דורשים את זכות השיבה של הפליטים לתחומי מדינת ישראל ללא תנאי ומדינת ישראל מתנגדת בתוקף. לטענת ישראל פליטים אלו צריכים להיקלט במדינה העתידית הפלשתינאית ולא בתחומי מדינת ישראל, שאם יקרה, עלול לגרום לשינוי דמוגרפי, ולערער את ביטחונה של מדינת ישראל.
בגלל התבוסה הצבאית ובעיות הפליטים מכנים הערבים את מלחמת 1948 הקרויה בפי היהודים מלחמת העצמאות בשם "אל נכבה" ,שפירושו בערבית : האסון.